Усвајањем Статута Рударско‐геолошког факултета 1990. године, ООУР Група за хидрогеологију прерасла је у Институт за хидрогеологију, као посебну организациону јединицу у оквиру Геолошког одсека Рударско‐геолошког факултета. Од 2000. до 2007. године, поред Института, постојао је Смер за хидрогеологију, а исте године формирана је и Катедра за хидрогеологију, такође у оквиру Института, која и данас делује у саставу Департмана са стално ангажованим наставним кадром.

У периоду 1991‐2007 на тадашњем Институту за хидрогеологију деловало је 13 лабораторија, и то: Лабораторија за хидрохемију, Лабораторија за регионалну хидрогеологију, Лабораторија за хидрогеолошко картирање и израду хидрогеолошких карата, Лабораторија за хидраулику и динамику подземних вода, Лабораторија за пројектовање хидрогеолошких истраживања, Лабораторија за израду хидрогеолошких објеката, Лабораторија за заштиту подземних вода, Лабораторија за геотермалну енергију, Лабораторија за водоснабдевање подземним водама, Лабораторија за минералне, термалне и термоминералне воде, Лабораторија за рудничку хидрогеологију, Лабораторија за мелиоративну и хидрогеологију у грађевинарству, Лабораторија за методе хидрогеолошких истраживања, Лабораторија за хидрологију и водопривреду.

Од 1993. године, 6. мај ‐ Ђурђевдан установљен је као слава Департмана, након чега прераста и у Славу целог Геолошког одсека. Дугогодишњи домаћин Славе био је проф. М. Лазић.

Смером, Институтом и Катедром руководили су шефови, док су им у послу помагали заменици. Током постојања Института, технички секретар била је М. Срећковић.

Руководство Смера, Института и Катедре за хидрогеологију у периоду 1990 - 2007

На прелазу у 90‐те године прошлог века, извршено је ново подмлађивање наставног кадра на тадашњем Институту за хидрогеологију запошљавањем асистената‐приправника: П. Докмановића (1989), О. Крунић (1990), В. Ристић (1990), Д. Поломчића (1993) и М. Видовића (1993). И тада је примењен концепт да се израдом докторских дисертација младих сарадника у наставу уводе нове или развијају постојеће специјалистичке дисциплине у хидрогеологији. Као резултат израде дисертација наведених млађих чланова института, развијене су дисциплине: примењена хидрологија у карсту, моделирање подземних вода, а неке постојеће су осавремењене: минералне воде, изворишта подземних вода, динамика подземних вода, водоснабдевање и регионална хидрогеологија.

Средином 90‐их година прошлог века (1996) на Институту за хидрогеологију било је запослено:

17 наставника и сарадника у настави: др Б. Филиповић, ред. проф.; др Н. Димитријевић, ред. проф.; др С. Прохаска, ред. проф.; др С. Вујасиновић, ред. проф.; др М. Лазић, ван. проф.; др В. Томић, ван. проф.; др З. Стевановић, ван. проф.; др В. Драгишић, ван. проф.; др М. Миливојевић, ван. проф.; др М. Пушић, доцент; др М. Симић, доцент; мр П. Папић, асистент; мр П. Докмановић, асистент; мр В. Ристић, асистент; мр О. Крунић, асистент; мр Д. Поломчић, асистент; М. Видовић, асистент‐приправник;

6 стално запослених стручних сарадника: мр И. Матић, истраживач‐сарадник; Б. Цвејић, стручни сарадник; Б. Хајдин, стручни сарадник; З. Маријановић, лаборант; М. Срећковић, технички секретар; М. Јарић, библиотекар.

4 запослена стручна сарадника на одређено време: М. Мартиновић, Б. Миладиновић, Б. Јевтовић, С. Анкић.

У периоду 1997‐2002. године, у пензију су отишли проф. Б. Филиповић и проф. Надежда Димитријевић, а извршен је пријем асистената‐приправника: Б. Секуловића (1997), Д. Миленића (1998), И. Јемцова (2000), и сарадника у настави: С. Парлића (2000), А. Ложајића (2001) и Г. Милановића (2002).

Крајем 2005. године на Институту је било запослено:

16 наставника и сарадника у настави: др С. Вујасиновић, ред. проф.; др С. Прохаска, ред. проф.; др В. Томић, ред. проф.; др М. Миливојевић, ред.проф.; др М. Пушић, ред.проф.; др М. Лазић, ред.проф.; др З. Стевановић, ред.проф.; др В. Драгишић, ред.проф.; др П. Папић ван.проф.; др П. Докмановић, ван. проф.; др О. Крунић, ван.проф.; др Д. Поломчић, ван.проф.; др Д. Миленић, доцент; мр В. Ристић, асистент; мр И. Јемцов, асистент; С. Парлић, сарадник у настави;

6 стално запослени стручних сарадника: др И. Матић, виши научни сарадник; мр Б. Хајдин, систем администратор; мр М. Мартиновић; Б. Цвејић; З. Маријановић, лаборант и М. Јарић, библиотекар;

11 стручних сарадника запослених на одређено време: С. Шпадијер, М. Крмпотић, В. Живановић, В. Трипковић, И. Ђокић, С. Нуховић, М. Чекић, Г. Летић, В. Чанић, Ж. Кљајић, С. Сорајић.