Развој хидрогеологије и хидрогеолошке струке у нас започиње крајем XIX века, радовима Светолика Радовановића и Јована Цвијића. До данас, развој хидрогеологије континуирано иде генерално узлазном линијом, са већим или мањим застојима. Најдужи период континуираног успешног развоја био је од 1945. до 1990. године. И у том периоду је било ограничавајућих фактора, али због повољне економске ситуације они нису били таквог карактера да би онемогућили истраживања и експлоатацију хидрогеолошких ресурса на ширем плану и у великом обиму. У том периоду пројектован је и отворен велики број изворишта подземних вода за јавно водоснабдевање, као и реализован велики број истражних и експлоатационих бушотина у нашим бањама и на другим локацијама. Период опште, а нарочито економске кризе од 1990. до 2000. године, може се окарактерисати и као период најдуже и најинтензивније стагнације хидрогеологије, као уосталом и целе геологије у Србији.

Први писани подаци хидрогеолошког карактера потичу од аустроугарских научника који су обилазили Србију по позиву кнеза Милоша, у вези са испитивањем хемијског састава и физичких карактеристика неких извора термоминералних вода. Прве податке оставили су 1834. године Ф. Хрушавер и барон Хаке из Беча. Годину дана касније, детаљне податке о хемијском саставу термоминералних извора Брестовачке, Гамзиградске, Јошаничке и Шарбановачке бање дао је А. Хердер након свог "рударског пута по Србији 1835." Две деценије касније, тј. 1856. године, детаљније и опширније податке о њиховом хемијском саставу и лековитости дао је Е. Линденмајер.

Први српски хемичар који је почео да проучава хемијска и физичка својства термоминералних вода био је С. Лозанић. Он је испитивања вршио у периоду од 1877. до 1893. године. Истовремено је испитивања започео и М. Леко, који их је наставио све до 1929. године. Хемијска испитивања неких појава термалних вода почетком XX века вршили су М. Николић и А. Зега. Треба напоменути да су сви наведени испитивачи били хемичари по струци.

Посебно треба истаћи допринос и значај наших великана — пионира у развоју не само геологије већ и хидрогеологије: Светолика Радовановића, Јована Жујовића и Јована Цвијића. Можемо их сматрати родоначелницима савремене хидрогеологије у нас, јер су иза себе оставили не само конкретне радове, већ и школован млађи научно-истраживачки кадар, који ће касније играти значајну улогу у развоју и континуитету хидрогеологије.

Први радови у области захватања подземних вода за јавно водоснабдевање у нас су уједно и први хидрогеолошки кораци наше науке. Формирање првог јавног централизованог водовода 1892. за град Београд реализовано је на основу података и истраживања којима је руководио геолог Светолик Радовановић. Извориште је формирано у Макишу, у алувијалним наслагама Саве, које се и данас користе у водоснабдевању главног града. Крајем XIX века започета је интензивна изградња бушених бунара ради обезбеђења квалитетне воде за пиће из дубљих (артешких) хоризоната (Зајечар, Смедерево, Лесковац, Крушевац и др.). У овом периоду посебно је владало интересовање за воде артешког типа са малом тврдоћом, ради употребе у текстилној индустрији (Београд, Лесковац, Параћин). Изданске воде постају доминантан извор водоснабдевања, и тај статус задржавају до данашњих дана.

Поједине уже дисциплине у оквиру хидрогеологије развијале су се у то време с различитим интензитетом, у зависности од укупног развоја тих дисциплина у свету, могућности преноса знања у нашу науку, расположивог научног потенцијала и финансијских средстава.

У периоду до Првог светског рата посебно место има рад монографског карактера „Подземне воде (издани, извори, бунари, терме и минералне воде)“ Светолика Радовановића (1897), чије је издавање било и непосредни повод за прославу 100 година хидрогеологије у Југославији. Његов аутор с пуним правом може се сматрати оснивачем савремене хидрогеологије код нас, а наведена монографија представља споменик и међаш у развоју хидрогеологије, не само у Србији, већ и шире – на Балканском полуострву.

У предговору ове књиге аутор истиче: „...Мало је наука које имају толико примене у животу као геологија. Поједини огранци ове гране науке, или више њих укупно, примењују се у пољопривреди, архитектури, инжењерству, рударству, технологији итд...“

Светолик Радовановић је уједно и „отац“ или зачетник геотермалних истраживања у Србији. У овој књизи, једна трећина посвећена је управо геотермалној енергији.

Хидрогеологија карста, са специфичним методама изучавања, такође је заживела као посебна област у хидрогеологији, при чему се наши стручњаци сматрају водећима у свету. Јован Цвијић је оснивач светске карстологије и хидрогеологије карста. Посебан траг у хидрогеологији оставили су његови радови: Das Karstphaenomen (1893, 1895), Пећине и подземна хидрографија у источној Србији (1895), Извори тресаве и водопади у источној Србији (1896), Подземна хидрографија и морфолошка еволуција карста (на француском, 1918), Циркулација воде и ерозија карста (на француском, 1925/26), Геоморфологија II (1926) и др.

Њему у част, 2005. године је у Београду и у нашој школи хидрогеологије организован интернационални научни скуп „Водни ресурси и еколошки проблеми у карсту“.